Desde el curso 2006-2007, la Universidad Carlos III de Madrid imparte los estudios de máster y Doctorado adaptados a la estructura del Espacio Europeo de Educación Superior (EEES).
El EEES tiene como principal objetivo promover la movilidad de estudiantes, titulados, personal docente e investigador y personal de la administración y servicios de las universidades y hacer los títulos oficiales de educación superior comparables en toda Europa.
El proceso es fruto del acuerdo firmado por los Gobiernos de 46 países europeos hasta el momento. Todos estos Estados han fijado unos mínimos y las Universidades diseñan a partir de ellos los planes de estudio. De esta forma las Universidades tienen más autonomía, pero también se les pide garantías de calidad más exigentes.
Este proceso tiene como meta el establecimiento de un Espacio Europeo de Educación Superior en el año 2010.